Au moment de la reproduction, les manchots rejoignent leur colonie d'origine sur la terre ferme, après avoir passé quelques mois en pleine mer pour se nourrir. Seul le manchot empereur se reproduit durant l'hiver. Toutes les autres espèces de manchots se reproduisent pendant l'été.
Le mâle commence à chanter, à crier en agitant la tête pour attirer une femelle. Elle choisit un mâle et se met face à lui. Le couple commence à émettre des chants. Cela permet de mémoriser le chant de son partenaire. Les manchots se reconnaissent grâce à leur chant. Chaque individu possède le sien, différent de tous les autres. Après ces parades préliminaires les manchots vont s'accoupler.

Les femelles pondent de 1 à 3 oeufs. Les deux parents ne vont pas se nourrir jusqu'à la ponte, assurant à tour de rôle l'incubation des oeufs. Chez le manchot empereur, la femelle pond un oeuf unique. Elle le récupère sur ses pattes, puis le mâle le prend à son tour. La femelle part s'alimenter après la ponte. Elle ne reviendra que 2 mois après pour s'occuper du poussin. Pendant ce temps le mâle se charge de couver l'oeuf.
Les oeufs sont parfois égarés et dérobés par les grands oiseaux marins et même détruits par d'autres couples.

Chez les manchots empereurs, les mâles vont couver leur oeuf posé sur leurs pattes, bien à l'abri sous leur plumage. Ils le couveront pendant deux mois.